Cita:
Iniciado por Artificium 
No es mala idea, pero aún tienes la limitación del tiempo de carga.
No digo que es una mala idea, pero mirándolo desde el punto de vista del programación y del usuario es mucho mas fácil para ambos hacerlo sin el Applet, de la manera "rudimentaria" (por decirlo asi).
Para el programador es mejor porque no tiene que hacer ningún cambio significativo, solamente permitir que PHP suba archivos mas grandes y listo.
El punto de vista del usuario sería que para correr el Applet, debe tener Java instalado, darle permisos, etc ... También dices que hay que usar Javascript, eso suma aun otro problema de accesibilidad para los usuarios que no lo tienen activado (MUY raro, pero ocurre).