Hola, buenas tardes.
Ya lo he podido resolver, a continuación les dejo el código, quizas a alguien le sea de utilidad.
En el archivo que recibe los valores, los cambios que realize fueron estos:
Código PHP:
Ver originalfor($i=0; $i<$CantidadNPag; $i++)
{
$Pago_nuevo = $_POST["pago_val_nuevo"][$i];
#echo "$Pago_nuevo<br>";
if ($Pago_nuevo == "SI")
{
require_once('Connections/PreRegistro.php');
$Matricula = $_POST["matriculaAlum"][$i];
$Referencia = $_POST["referenciaAlum"][$i];
$Pago_actual = $_POST["pago_val_actualAlum"][$i];
$query_ConsultaAlumnos = "SELECT * FROM alumnos WHERE matricula = '$Matricula' AND referencia = '$Referencia' ";
$Pago_NO = "NO";
$strqry = 'UPDATE `alumnos` SET `pago` = \''.$Pago_nuevo.'\' WHERE matricula = \''.$Matricula.'\' AND referencia = \''.$Referencia.'\' AND pago = \''.$Pago_NO.'\' ;';
}
}
Mencionando que el código que utilizo para la recuperación de valores es el mismo que ya he posteado anteriormente.
Saludos y muchas gracias por la ayuda brindada.