El problema de los frames es que para Google cada uno es una página independiente, el menú por ejemplo es una página para Google. Quitar los marcos para subir ese puesto en la página de inicio no va a servir, para conseguir más visitas en el resto de páginas del sitio sí. También está el problema de lo que vé el usuario que llega
desde Google (revisa las capturas de pantalla de lo indexado hasta ahora). Si compensa o no es algo personal, yo no lo veo tan difícil, son pocas páginas. Por cierto el flash tampoco es bueno para el SEO.
Sobre la redirección. El pr se traspasa, es cierto pero si es la misma web. Al ser una web distinta, de otra temática incluso, es posible que Google le parezca sospechoso y en el mejor de los casos no transmita el pr o puede que incluso sufras una penalización.