Hay el tema de la velocidad, y coincido contigo en que no se nota demasiado. También estuve investigando, por las leyendas urbanas que había escuchado...
En mi caso, por seguridad, ciertos datos (ficheros access, word, pdf, excel..) sólo los tengo en disco duros externos y trabajo sobre éstos. Y por ahora perfecto. Eso sí, prefiero hdd externo antes que pendrive (
por precio y características). Si lo haces por portabilidad, hay hdd de tamaño bolsillo...
Ademas si te interesa darle seguridad:
(gratis)
http://www.kriptopolis.org/truecrypt
(de pago)
http://www.newsoftwares.net/usb-secure/
eso si, tanto si trabajas con pendrive, disco externo o disco interno no olvides nunca hacer backups!