Primero, guarda los datos en un array, como dices.
Código PHP:
$thefriend[] = $user_to_id;
Luego usa
implode en tu consulta.
Código PHP:
"SELECT `to_id`,`activity` FROM `activity` WHERE `from_id`IN ( " . implode( ',', $thefriend ) . " ) ORDER BY `timestamp` DESC LIMIT 50"