Creo que en el manual lo comentan, no detecta los namespaces, como te dije antes, hace una parte del trabajo, pero no todo.
Tu clase no extiende de nada(una de las tantas razones que hace a D2 genial ;)), deberias leer sobre
Using namespaces: Aliasing/Importing.
Comprueba el nombre de los ficheros yml generados, el nombre de los mismos debe ser el nombre completo de la clase cambiando los "/" del namespace por "." con la extension ”.dcm.yml”, por ejemplo en un Entity Application\Entity\User, el fichero físico debería llamarse Application.Entity.User.dcm.yml y dentro del mismo
Código YML:
Ver original# Application.Entity.User.dcm.yml
Application\Entity\User:
type: entity
table: cms_users
id:
id:
type: integer
generator:
strategy: AUTO
...
Con respecto a cual de los sistemas de mapeo es mejor, la respuesta es: no hay diferencia :P, es mas sobre gustos personales que sobre ventajas reales, en todos los casos se parsean 1 vez y se guardan en cache, aunque personalmente prefiero annotations.
Saludos.