Lo siento, no te pedí que hicieras un dump. Sólo que postearas el resultado de los CREATE TABLE, pero por lo visto no lo harás.
Lo único que te puedo decir ahora es que por la descripción que pusiste antes, la estructura de las tablas y las definiciones de las claves parece algo caótica, y no parecen estar bien definidas. Eso puede estar llevando a crear problemas como los que describes, pero sin ver los CREATE TABLE... todo es suposición.
Edito: En la defición que posteas después se puede ver que la relación entre Empresa y Grupo sigue siendo
mandatoria, lo que implica que no puedes crear una empresa sin grupo...
Vuelve al tablero y define mejor eso.