Generar .jar sin incluir directorios

[Nahikarii]

Hola! estoy desarrollando un sistema que incluye la funcionalidad de jalar los archivos de la base de datos y guardarlos en una carpeta por defecto.

Ej: el main pertenece a sistema/main.class la ruta donde se guardan los archivos es sistema/archivos/unarchivo.txt

Al momento de crear el .jar todos los documentos son agrupados dentro del .jar (archivos, carpetas, librerias, etc) pero necesito que las carpetas que unicamente son utilizados para guardar archivos no se agrupen dentro del .jar