Hola timoteo666:
En un delete no puedes hacer JOIN's... si necesitas utilizar múltiples tablas debes hacer las uniones en el WHERE...
Checa la sintaxis del DELETE;
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/delete.html
Ahora bien, si entendí qué es lo que quieres hacer es eliminar de la Tabla1 todos los id's que existan en la tabla2 correcto??? esto podrías hacerlo más o menos así:
Código MySQL:
Ver originalQuery OK, 0 rows affected (0.08 sec)
Query OK, 3 rows affected (0.03 sec)
+------+-------------+
| id | descripcion |
+------+-------------+
| 1 | uno |
| 2 | dos |
| 3 | tres |
+------+-------------+
Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)
Query OK, 2 rows affected (0.07 sec)
+------+-------------+
| id | descripcion |
+------+-------------+
| 2 | dos |
| 3 | tres |
+------+-------------+
Query OK, 2 rows affected (0.04 sec)
+------+-------------+
| id | descripcion |
+------+-------------+
| 1 | uno |
+------+-------------+
Dale un vistazo a ver si es lo que quieres hacer.
Saludos
Leo.