Tienes que agregar el resource module al application.ini y las lineas que tienes sobre el FC no es necesario agregarlas ahi, lo estas haciendo a mano ?, para eso esta la consola, crea el proyecto , agrégale un modulo, a este agrégale un controller(todo con la consola) y en tu application.ini
application.ini
y asegúrate que estas lineas estén en este orden (si lo hiciste con la consola, así deberían estar)
application.ini
Código INI:
Ver originalresources.frontController.controllerDirectory = APPLICATION_PATH "/controllers"
resources.frontController.moduleDirectory = APPLICATION_PATH "/modules"
Saludos.