Bien, para agregar un item en el select de hace así:
Código:
var sel = document.getElementById('miSelect');
sel.options[i] = new Option(texto, value);
Si haces eso se agregará en la posición "i" un nuevo option. Bien, para eliminar un option se usa su posición:
Para eliminar todos los items, se utiliza esto:
Como ves, ese tema es fácil, ahora te recomiendo que aprendas DOM de JavaScript. Suerte!