La idea entonces es buscar de alguna manera como recuperar un elemento por javascript. Sin entrar a usar librerías vamos a lo básico:
Código Javascript
:
Ver originaldocument.getElementById('idElemento');
Esta función propia de Javascript te recuperará el elemento cuyo id sea idElemento. Ten presente que como bien diste id's a los checks con un prefijo común a todos y un postfijo numérico incremental te será sencillo arbitrar alguna manera para, usando la función que arriba te indiqué con un pequeño cambio, recorrerlos todos.
Por otro lado te recomiento W3Schools referencia obligada para toda duda HTML entre otros.
Particularmente hecha un vistaso a : http://www.w3schools.com/jsref/dom_obj_checkbox.asp
Cualquier duda vuelve a preguntar.