servidores

[mcun]

liberas los recursos de las conexiones a mysql por ejemplo ?
escalas las consultas complejas o las haces de un tirón ?
que hardware tienes ?

como tienes configurado el server ?
cuantos recursos ocupa cuando esta apenas encendido o sin trabajo ?

son muchas las cosas a mirar por eso es difícil ayudarte sobre todo porque hay que interrogarte para tener datos básicos ;)