Puedes personalizar sin problemas el mysqldump usando los parámetros que puedes leer en la docuentación oficial (el
Manual de Referencia, lo primero que hay que leer), pero eliminar los DROP TABLE IF EXISTS te generará un error de ejecución al intentar crear una tabla que ya existe.
El problema mayor es que si ese backup contiene datos que haya que cargar, el mysqldump puede no ser la mejor elección para lo que quieres hacer.
Yo personalmente lo que terminé haciendo fue una serie de rutinas programadas (en mi caso en .Net) que verificara la estructura de tablas y realizara las actualizaciones adecuadas. Si buen fue una solución engorrosa, terminó siendo una buena idea a la larga, ya que realiza as actualizacioens en forma dinámica, es decir, no importa qué modificaciones le haga a la base, estas rutinas la toman y la realizan sin problemas.