Permisologia?
Igual y lo que estas buscando es restringir el acceso a tus scripts desde el navegador, si esta en linux muy seguramente este usando como servidor web el famosisimo apache.
en ese caso puedes estudiar los archivos .htaccess y .htpasswd con ellos puedes hacer que solo el servidor accese a tus scripts o que con autenticacion lo hagan o incluso filtrar por IP.
eso por parte del servidor, pero por parte del codigo debes de adquirir ciertas costumbres como limpiar todos los datos que vienen de afuera (formularios)
ejemplo en un login la parte php quedaria:
Código PHP:
$usuario=mysql_real_escape_string(strip_tags($_POST['usu']));
$pass=mysql_real_escape_string(strip_tags($_POST['clave']));
con lo anterior evitas code injection ya sea de sql como de php y html
puedes ver este blog donde se da un tuto de como implementar seguridad en php
[URL="http://webplusplus.blogspot.com/2011/10/configurar-php-parte-1.html"]http://webplusplus.blogspot.com/2011/10/configurar-php-parte-1.html[/URL]
