en las ventanas no podes ocultar la dirección, te conviene cargar el PDF(es decir el object) en un div y mostrarlo(el div) pasandolo de display:none a block. lo mismo para un iframe.
Eso es basicamente lo que hacen numerosos clones de Lightbox, asi que podrias probar con alguno
http://fancybox.net/home (este muestra iframes, asi que el contenido de tu iframe seria el pdf
este otro abre directamente los pdf
http://www.artviper.net/bumpbox-demo/index.html
Hay unos cuantos mas, cualquiera que te muestre "inline content" te va a servir, como este...
http://jquery.com/demo/thickbox/
Como ves ahora el problema es decidirse
SAludos