Sí, he probado y funciona bien.
Claro, lo lógico, sería hacer todos los includes absolutos con constantes por ejemplo. Lo que pasa es que tengo la aplicación en producción y no puedo cambiar eso tan facilmente.
De todos modos, he encontrado la solución. No se si es lo correcto pero funciona.
Al lanzar el script por cron la ruta de ejecución es '/usr/share/webmin/cron'
Haciendo un
Código PHP:
chdir('ruta_del_script');
resuelve las rutas relativas bien.