Lo hice así y perfecto:
para cuando se pulsa el pause:
Código:
lengthCrono = SystemClock.elapsedRealtime();
cronometro.stop();
y para continuar:
Código:
mplayer.seekTo((Integer) length);
cronometro.setBase(cronometro.getBase() + SystemClock.elapsedRealtime() - lengthCrono);
mplayer.start();
cronometro.start();
Saludos