Debes analizar que es distinto para cada pais... si hay muchos recursos "compartidos" no tiene sentido separar por bbdd y multiplicar copias de esos recursos...
Debes plantearte al administrador como un usuario mas (super usuario si quieres), en general crear una bbdd para cada usuario és una mala práctica....
El hecho que sean webs distintas no tiene mucha importancia si tienes bien separadadas las capas Interficie (web) controlador y datos.
http://es.wikipedia.org/wiki/Modelo_Vista_Controlador.
Finalmente trabajar con bbdd distintas seguro que te va a dificultar el mantenimiento.