Hola,
Cita:
Iniciado por fcojose2001 
...Como puedo solucionarlo? el caso es q quiero q esto se haga automaticamente sin que el usuario tenga que tocar nada.
Posiblemente, tendrías que buscar en todo el disco duro para saber donde está instalado MySQL, o por lo menos en las ubicaciones mas usadas; en Linux el archivo MySQL normalmente está en /etc/ o /etc/mysql/conf, pero no es obligatorio, en Windows puede estar en \Windows\System32 o en cualquier otra carpeta, inclusive en otro disco duro.
¿Como hace MySQL para saber el mismo donde está instalado?
Busca el archivo de configuración (.conf ó .ini) en las ubicaciones mas conocidas, por ejemplo, en Windows, lo busca en la carpeta donde se ejecuta el binario ..\mysqld.exe, si no lo encuentra por allí, lo busca en System32 y posiblemente en otras ubicaciones, y por último busca en un parámetro que se le manda al ejecutable. Dentro del archivo mysql.conf está la ubicación de la instalación de mysql y la ubicación de los archivos de datos.
Creo que la forma más fácil es, en el momento de la instalación crear un archivo de configuración .properties, donde le indicas la ruta y de allí en adelante la leas de allí. El archivo .properties posiblemente lo tengas que crear manualmente o tengas que crear un JFrame para poder seleccionar la ubicación y guardarla posteriormente en el archivo .properties. Al iniciar el programa lee ese archivo .properties para saber donde está ubicado mysql.
En el peor de los casos la ruta de mysql la puedes agregar a la variable del sistema PATH para que encuentre el programa .exe sin importar desde que ubicación ejecutaste el programa. Normalemente en Windows, MySQL se agrega el mismo a esa variable en el momento de la instalación.
Saludos,