Bueno, el problema es que is_file() necesita que le pases la ruta al fichero y readdir devuelve solo el nombre del fichero, sin la ruta. Prueba con:
Código PHP:
if(!is_file($Directorio.$file)){
Asi le pasas la ruta completa concatenando el nombre del directorio al nombre del fichero. Esto funciona si $Directorio acaba en /. Sino, usa:
Código PHP:
if(!is_file($Directorio.'/'.$file)){
Para comprobarlo, haz un echo $Directorio.'/'.$file; para ver si lo muestra en el formato correcto.
Por cierto, creo que te sobra el opendir() de dentro del bucle.
Suerte.