Cita:
Iniciado por cucuru 
El problema está en como cierras la ventana, ¿haces un exit(0)?
Esto System.exit(0) cierra la aplicación (no solo las "ventanas"). Difícilmente tenga algo que ver con tu problema.
Curioso título, ¿te estás haciendo una pregunta a vos mismo?
Algo de código sería bastante útil para ver el comportamiento de tu app