Si a mi tampoco me ha dado problemas. Pero el punto es que windows en mi caso da prioridad a la carpeta de fuentes de windows por encima de la ruta relativa que tenga. Por eso debe colocarse la ruta absoluta como dices.
La duda es ¿Cómo PHP sabe de la existencia del directorio de fuentes de Windows?
Sería bueno que algún experto nos explique. ¿Es durante la instalación como tengo pensado o como sabe de esta ruta?
Saludos.