Cita: Porque la base de datos no va con el software????
No siempre es así, en este contexto puedes separar los motores de base de datos en dos tipos, por un lado los servidores autónomos (Oracle, SQL Server, MySQL, etc) que ya gnzsoloyo comentó beneficios como independiente del software, portables, escalables, sirven a múltiples aplicaciones, etc, y por el otro lado los motores embebidos (SQLite, Firebird Embedded, Oracle Berkeley DB, etc) que si van dentro del software, no disponen ni necesitan herramientas o tareas de administración, sirven exclusivamente al software en el que están embebido y son útiles para gestionar bases de datos pequeñas, por ejemplo en aplicaciones para móviles o exploradores como Firefox para guardar las configuraciones de los usuarios. Puedes ver más en
http://en.wikipedia.org/wiki/Embedded_database.
En conclusión, la base de datos puede ir o no ir con el software, los dos casos son válidos, todo dependerá de los requerimientos que tengas.
Saludos