Hola que tal.
* Y cual es tu ideología para guardar el archivo en diferentes bases de datos.
* Porqué no lo guardas en una sola tabla
* Porqué tines varias conexiones en un solo archivo
En base a tu problema desde mi punto de vista es que debes de estructurar muy bien tu datos, de esa forma te seria más fácil hacer lo que deseas.
También te recomiendo que pases por los
aportes del foro en donde podrás encontrar varios ejemplos.
Te dejo algunos.
http://www.forosdelweb.com/f18/tutor...inario-127775/ http://www.forosdelweb.com/f18/aport...on-php-568511/
Y por recomendación lee el
manual de PHP
Saludos