Cita: Acabo de encontrar que la causa es que habían muchas conexiones a la base de datos, que no se estaban ejecutando... así que las elimine, y ya el proceso volvió al 0% ^_^, sin embargo, si alguien hace un pequeña consulta se dispara nuevamente hasta el 25, 50 o 75% O.o
El problema puede ser falta de optimizaciónde la consulta, o bien que estás creando demasiadas conexiones inútilmente, o no estás controlando que se cierren adecuadamente.
Postea la consulta y verifica tus scripts con la siguiente idea base: 1 usuario conectado = 1 sesión = 1 sola conexión a MySQL..