Entiendo... Realmente nunca realice una chat, ni siquiera lo pensé. No se como compartirás las conversaciones, calculo que abrirás sockets, por lo que en este caso te seria conveniente manejar de otra manera los datos, y no volcarlo en la pagina de una.
esto lo digo por que lo vi en el siguiente articulo:
Servidores Sockets en PHP
En segundo lugar y creo que es el gran problema, no deberias entender a las funciones como parte de tu pagina, separa el código php del html, de forma inmediata, entonces podrías trabajar mucho mejor, mas limpio, y de forma correcta.
Utiliza a PHP como un lenguaje de scripts, es decir que realice determinada función y retorne los valores para que puedas manipularlos a tu gusto.
Por ejemplo, create una clase que se conecte a la base de datos.
Otra clase que obtenga los valores de los usuario que están conectado, pero que necesite llamar a la primer clase que creaste (la que se conecta a la base de datos), entonces cuando tengas que llamar desde Javascript a una función no tengas que recargar la pagina.
No se si sabes o no, quizá me paso de atrevido, pero aplica Programación Orientada a Objetos, y si no la sabes prueba aprender ,te llevara un tiempo pero te sera increíblemente útil. Te lo digo desde la experiencia.