La diferencia es evidente cuando activas el reporte de errores, o bien, revisas el log de errores.
¿Por qué?
La primer forma, la del empty() no genera ningún error pues sirve precisamente para comprobar la existencia de la variable y su valor.
Sin embargo la segunda forma genera un error si la variable no esa definida, tal vez no lo notas pero es porque trabajas en un entorno tristemente configurado.
Así pues, la forma del empty() es siempre mejor, y se recomienda ampliamente.
Te invito a leer lo siguiente para que te des una mejor idea de lo que digo:
http://www.forosdelweb.com/f18/undef...riable-923992/