La verdad es que es algo complicado si no sabes manejarte con las funciones de la librería GD, deberías revisar varias pues no es solo una la que vas a necesitar.
Especificamente necesitas recorrer la imagen pixel por pixel, detectar el color del punto y dibujar el punto del otro color que necesitas basado en el pixel actual, etc.
Así mismo debes usar las funciones para aplicar transparencia correctamente, y mucho etc.
