no crees ningun index en dichas carpetas
crea un archivo error403.php en la raiz con el siguiente contenido
<?php
header('Location: /');
?>
y luego en tu raiz creas un archivo .htaccess que contenga
Options -Indexes
ErrorDocument 403 /error403.php
De esa manera cualquiera que ingrese a una carpeta que no tenga un index válido va a ser redirigido a
http://tudominio.com
Saludos