Según el API de Java, solo hace una copia del array como tal pero su contenido es similar para ambas instancias. entonces debemos implementar un código para una clonacion mas profunda.
Código Java:
Ver originalA[] original = ....
A[] copy = new A[original.length)
for (int i = 0; i < as.length; i++) {
copy[i] = (A) as[i].clone();
}
Para cada item dentro del array implementar clone(). supongo que puede existir una forma mucho mas rápida.