Hola a todos:
Matt Cutts ya lo habia dicho en un video, no es problema hacer links con java, google los entiende, hasta donde yo se para lo único que realmente ayudan es para no transferir page rank a través de ellos
http://www.youtube.com/watch?v=mmoHmfy5AcQ
Google NO penaliza por usar enlazes con java y usarlos no es black hat ni tantito, no llega ni cerca a gray hat...
Saludos