recorrer dos mysql_fetch_array y comparar los registros

[GatorV]

Tienes que primero definir que es lo que vas a consultar, si es un campo en concreto puedes usar dos ciclos, el primero para ciclar los registros de tu consulta A, y otro para los de la B:

Código PHP:

while($row1 = mysql_fetch_array($result1)) {
      while($row2 = mysql_fetch_array($result2)) {
           if ($row1['col'] == $row2['col']) {
                   // aqui lo que quieras hacer cuando son iguales
           }
      }
      mysql_data_seek($row2, 0); // regresar el resultset 2 al inicio
}
 

Claro esto no es muy optimo, si tus resultados no son tantos, lo mejor es que bajes ambos resultsets a arrays en PHP locales y hagas el loop en esos datos, ya que de la forma que lo puse sobrecargas mucho tu BDD.