Hola.... pues si que suena raro eso....
Pregunta 1: ¿esos que te cuesta abrir tienen mapas de bits dentro?
si es así en guardar>opciones avanzadas>tienes marcado usar compresion de objetos graficos.... sería bueno saberlo por si el problema lo tuvieses ahí.
Pregunta 2: ¿esos archivos tiene objetos vectorizados automaticamente?
En cuanto a tardar "horas" si es literal ... miraría 1) si tienes objetos complejos, con muy alto número de nodos, en ese caso habría que reducir el numero de nodos.... si tarda en abrir tanto los reduciría drasticamente
En último caso ´si no se soluciona así guardaría en versiones antiguas, cmx o pdf por si las moscas... perder trabajos jod.... mucho...