Bueno Fitipladi, no eres el único que utiliza tintas directas en Photoshop... aunque simpre que se pueda se intenta evitar por lo engorroso que es (no se puede trabajar con capas que contengan colores directos)
Cuando utilizaba Freehand guardaba en formato Photoshop DCS 2 con esta configuración en mac:
pero desde hace tiempo que trabajo únicamente con el psd o tif directamente, cualquiera de los dos formatos los admite bien el Illustrator. No me preocupa luego si da problemas el rip porque siempre envío la imposición hecha ya en PDF.
El formato DCS2 admite también datos vectoriales, por ejemplo una capa de texto o una capa de forma se podría guardar (sin acoplar) en este formato, y marcando la casilla de "incluir datos vectoriales" se guardaría. No lo he hecho nunca para imprenta pero si estuve hace tiempo investigando y los resultados eran los esperados, el eps conservaba los datos.