Usa / al incio para incluir los archivos desde la raiz del sitio, por ejemplo:
   
Código HTML:
Ver original- <link rel="stylesheet" media="screen" type="text/css" href="/css/estilos.css" > 
Al anteponer la /, el browser va a buscar a partir de tu DOCUMENT_ROOT, es decir la raiz del sitio para hacer todos los includes. 
Otra opción es usar la etiqueta <base url=""> de HTML para indicar una base. 
Pero ambas cosas son con HTML, no con PHP. 
Saludos.