Lee lo siguiente:
http://www.php.net/variables.external, si pones todos tus checkbox solo es cuestión que los rescates usando ya sea $_POST o $_GET.
Para mayor conveniencía te recomendaría que los crearas como array, por ejemplo:
Código HTML:
Ver original<input type="checkbox" name="letras[]" value="eliddelaentidad">
Así puedes rescatar en PHP $_POST['letras'] el cual sería un array con los checkbox que fueron marcados, solo tendrías que checar cuales checkbox te llegaron y en base a eso hacer el UPDATE.
Saludos.