al contrario, tales directorios deben estar al mismo nivel que tu index.php (controlador frontal).
una mejor forma es crear un directorio tipo
assets, para que así solo tengas que agregar un sólo directorio en el .htaccess para el mod_rewrite:
Código Apache:
Ver originalRewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|assets|robots\.txt)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]