Cita: utilizo el mysql-workbenck pero creo que esto solo permite hacer el modelo relacional pero no el entidad-relación
El DER o Diagrama de Entidad - Relación carece de utilidad fuera del nivel de análisis de sistemas y en BBDD sólo se usa como paso previo a la implementación del modelo físico. Cuando ya tienes cierto nivel de práctica es habitual que omitas ese paso y directamente generes el modelo de datos. Por esa razón es que es común que las Case tools no lo incluyan.
Además, la mayor parte de las herramientas CASE que incluyen el DER lógico son herramientas orientadas a análisis estructurado, como eran el CASE Studio y cosas similares, mientras que las má srecientes están orientadas a UML y POO.
En ese sentido, si de todos modos quieres encontrar soft que pueda darte esa opción busca precisamente "
CASE Tools for Linux" en Google.