Yo tengo mi menú, jdPicker, fancybox, y easyTooltips en el mismo proyecto... y sin problemas. ¿Cómo lo tendrás hecho para q no sean "compatibles"? :O
Es sólo curiosidad xD
PD: Prototype:
http://www.nickstakenburg.com/projects/lightview/
Mootools:
http://www.digitalia.be/software/slimbox
Y si quieres hacerlo tu con solo js:
http://javascript.about.com/library/blmodald1.htm
¿Te vale?