Hola:
Una idea podría ser la siguiente, pero es una cuestión de MySQL:
- Tener una tabla de carpetas de cada usuario con un campo carpeta_user_id que se relacione con el campo user_id de la tabla de usuarios.
- Cada registro contiene además un ID recursivo de tal forma que se pueda saber la relación padre/hijo de cada carpeta:
Un registro sería:
- carpeta_id
- carpeta_user_id
- carpeta_nombre
- carpeta_carpeta_id (si es nulo ó 0 es que está al primer nivel, de lo contrario tiene una relación hijo/padre, siendo el hijo, con la carpeta referida)
El control de entrada y modificación te llevaría algo más de código pero luego, a la hora de crear subcarpetas y listarlas te sería más fácil.
Un saludo.