que versión de TB estas usando y como estas configurando las cuentas.
yo uso Thunderbird 8.0 pero lo uso desde TB 2.0 y me parece que la configuración no a cambiado
extraño el error, por ejemplo tengo configuradas 2 cuentas de Hotmail y 2 de Yahoo, en cada cuenta tanto el servidor de entrada como el de salida es el mismo, obviamente cada servidor va asociado a un usuario diferente, con bandejas independientes para cada cuenta, no se si estas usando carpetas locales (bandeja global) para los 2 correos.