Pero eso depende de las necesidades, digamos que aqui hay una confusion
si los archivos estan en tu server solo tienes que guardar su ruta relativa y con una constante por ejemplo en php llamas a cada archivo
<a href="<?php echo base_url();?>/ruta">
no es código inutil es espacio de la bd usado inutilmente, pero la cosa cambia cuando llamas a imagenes externas, ahí es necesario toda la ruta
http://to.com/ruta.jpg
guardar el código con todo y etiquetas es un absurdo a menos que sea un video o un object.
pero ese no es el punto, el punto es que el problema no es como escribas los enlaces si no como los guardas y a que llaman esos enlaces.