Hay algunos detalles que debes tener en cuenta:
1) Hacer un ALTER TABLE implcia una modificación estructural enorme en una tabla de una base que ya está en trabajo. Es una mala práctica, y sólo se debe hacer si es
absolutamente necesario.
2)
Un ALTER TABLE genera una copia de la tabla temporalmente (ver
funcionamiento del ALTER TABLE), por lo que el proceso puede ser extremadamente lento, sea por la reconstrucción de los índices, o por el diseño de la propia tabla, o bien por la optimización de los datos presentes en ella.
3) Un proceso complejo
puede implicar mucho tiempo de conexión, por lo que si este tiempo supera el límite del
timeout, la conexión se cae. Eso es una
medida de seguridad, no un error.
4) Se puede extender el tiempo manualmente, pero tu estás usando Workbench y el MW tiene su propia configuración para el timeout de procesos. Fíjate cuál tiene y reconfiguralo. También tiene una configuración propia para lo que debe hacer en los errores. Verifica eso.
5) Una opción que puedes usar es ejecutar las sentencias en
consola. Eso te dará mejor velocidad, pero a su vez puede que te de la impresión de estar bloqueado, a pesar de estar trabajando.
6) Un detalle final a considerar es que si estás
trabajando en una red, y la base se halla en otra computadora, el timeout que puede hacerte caer la conexión
puede no ser el de MySQL, sino el propio de la LAN donde estás, cosa que es controlada por el sistema operativo y no por MySQL. Eso es un problema que debe resolverse a otro nivel.