Wenas, me alegra que lo hayas solucionado, por ejemplo yo use en una app web , y no colocaba la ruta del archivo completa sino que lo usaba de la siguiente manera.
Código PHP:
public void process(HttpServletRequest request,
HttpServletResponse response, ReportBean rbean) throws ServletException, IOException {
try {
//response.setContentType("application/vnd.ms-excel");
HttpSession session = request.getSession();
ServletContext context = session.getServletContext();
String pathreal = (rbean.getModalidad().equals("0"))?context.getRealPath(EXCEL_FILE_MONTHLY):context.getRealPath(EXCEL_FILE_DAILY);
POIFSFileSystem fs = new POIFSFileSystem(new FileInputStream(pathreal));
HSSFWorkbook hwb = new HSSFWorkbook(fs);
sheet = hwb.getSheetAt(0);
setCell(CELL_TITLE,"Grafica");
lo demas es historia.
Cheers, hope this helps
