buenas,
debes considerar el formato del banner. en teoría, si un elemento tiene una posición distinta a static y relative -por defecto todos los elementos son static- entonces z-index toma efecto. lo que significa que dichos elementos con un valor mayor de cero en z-index se posicionan por encima de los demás elementos. sin embargo, puede suceder que el elemento no se posicione por encima del contenido de otros. particularmente esto sucede con contenidos flash. la solución consiste en asignar un parámetro al flash para indicarle como ha de mostrar el contenido. otra razón puede ser que tengas dos o más elementos sobreposicionados en la mismas coordenadas y uno de ellos tiene un valor z-index mayor que el otro, pero no creo que este sea tu caso. no he sabido de otra circunstancia similar salvo los dos antes mencionados. la siguiente respuesta indica como solucionar el caso de flash.
http://www.forosdelweb.com/showthread.php?p=2067458