Alguna vez tuve un problema parecido usando un paginador implementado con ajax que no me dejaba cargar bien en IE. En ese caso el problema fue debido a una incompatibilidad en los estilos css en IE y hacia que el script se detuviera al intentar cargar una página. Lo que yo sugiero es que vayas armando la pagina poco a poco, ej:
Código HTML:
<html>
<body>
Empiezo a armar mi pagina web
</body>
</html>
Se que suena tonto pero como no podia detectar el error le iba añadiendo poco a poco el código hasta que pude encontrar el error. Así ya solo te concentras en lo que esta fallando. Igual por comodidad deberias instalar un servidor local, así no tienes que subir a cada rato la página.