Yo utilizo un documento corriente, eso si, tengo una página pequeña y me es facil añadir las url de los enlaces que dejo. Además así controlo los sitios donde me los borran, donde me los aceptan bien, donde son dofollow, y separo por temáticas relacionadas, así sé dónde puedo volver a colocarlos más tarde.
Evidentemente, para ver tus backlinks válidos por google, pues webmaster tools te los dice.
Para páginas más complejas y grandes, pues hay herramientas más autmatizadas, podéis hechar un ojo al hilo sobre herramientas seo:
http://www.forosdelweb.com/f64/herra...ra-seo-827871/
Saludos