Cita: como si no me estubiera tomando el array como array sino como texto. Ahi deberia de aparecer los mail que corresponden a esos campos elegidos que estan dentro de la misma tabla llamada "ALUMNOS".
Eso es un problema que debes resolver en programación. No es MySQL. Tienes que tratar de que ese array se transforme en una secuencia de cadenas, cada una entre apóstrofes, todas separadas por comas, de modo que cuando se genere la consulta en SQL esta quede como te dice Nano_:
Pero todo lo de programación en PHP es tema de otro foro, no de este.
Pregunta en el Foro de PHP cómo lograrlo.