Lo más simple es que tengas un div oculto (style="display:none") que contenga una barra de progreso, algo más o menos así:
<div id="bloquea" style="display:none;width:100%;height:100%;overflo w:hidden;z-index:10000">
<img src="barra.gif">
</div>
así tienes un div a pantalla completa por encima de los primeros 9999 divs o contenidos
cuando necesites cloquear la pantalla, simplemente mandas a mostrarlo, por ejemplo al hacer el submit:
<input type="submit" onclic="document.getElementById('bloquea').style.d isplay='block';">